Росрыболовство реализует меры согласованные в ходе оперативного совещания Совета Безопасности Российской Федерации.

В частности Росрыболовством и ФСБ России подписан совместный приказ "О порядке взаимодействия территориальных органов Росрыболовства и пограничных управлений ФСБ России по субъектам Российской Федерации (по направлениям) при осуществлении ими контрольно–надзорных функций за прибрежным и промышленным рыболовством" от 31 декабря 2009 г. № 125/704.
Совместный приказ предусматривает прием на патрульные катера и суда пограничных управлений ФСБ России должностных лиц территориальных органов Росрыболовства в целях решения задач в пределах установленной компетенции (в том числе в целях участия в работе межведомственных осмотровых групп и межведомственных штабов).
План взаимодействия между территориальными управлениями Федерального агентства по рыболовству и пограничными управлениями ФСБ России по субъектам Российской Федерации (по направлениям) при исполнении ими контрольно-надзорных функций за прибрежным и промышленным рыболовством, помимо работы межведомственных осмотровых групп и межведомственных штабов, включает совместное осуществление контрольно-надзорных функций вдоль прибрежной полосы внутренних морских вод и территориального моря Российской Федерации с удалением в море до наиболее отдаленной части постановки ставных неводов или границ рыбопромысловых участков.
Предусмотрено также проведение совместных выборочных контрольно-проверочных мероприятий в отношении судов рыбопромыслового флота и судов, осуществляющих транспортировку водных биоресурсов и продукцию из них, прибывших в морские порты и портопункты, с целью установления законности добычи (вылова) водных биоресурсов при осуществлении прибрежного и промышленного рыболовства, а также законности происхождения рыбной и иной продукции из водных биоресурсов.
В настоящее время совместный приказ направлен в территориальные управления Росрыболовства для использования в работе.